Un nouveau gouvernement est porté au pouvoir à Québec en 2003. La promesse de consulter les populations de villes fusionnées et de leur permettre de reconstituer leur ville est appliquée. Des référendums sont tenus en 2004. Les citoyens de Boucherville, de Brossard, de Saint-Lambert et de Saint-Bruno-de-Montarville décident de quitter la nouvelle Ville de Longueuil.
Le gouvernement revoit l’organisation politique et administrative de la Rive-Sud. L’agglomération de Longueuil est créée. Elle regroupe la Ville centre Longueuil et les quatre villes reconstituées. Dix personnes siègent au conseil d’agglomération.
Depuis 2006, la Ville de Longueuil compte trois arrondissements : Vieux-Longueuil qui comprend aussi l’ancienne Ville de LeMoyne, Saint-Hubert et Greenfield Park. La ville est maintenant 5e en importance au Québec. Seize personnes siègent au conseil de ville. De nombreux projets l’animent : l’aménagement du secteur de la Place Charles-Le Moyne, le développement de la zone aéroportuaire, où se retrouvent maintenant l’hôtel de ville ainsi qu’un marché public, l’aménagement de la gare intermodale Longueuil-Saint-Hubert, l’installation d’une plage publique, le développement de la vie culturelle, etc.
En 360 ans d’histoire, le territoire de la seigneurie de Longueuil a connu de multiples mouvements. Chacune des parties de son territoire d’origine a dû relever de nombreux défis et chacune l’a fait à sa manière. L’union de ces expériences fait la force du Longueuil d’aujourd’hui et de demain.